Recursos são arrecadados pela ANA e repassados integralmente ao Comitê de Bacia do São Francisco, onde serão aplicados em ações de recuperação.
Os usuários do rio São Francisco e outros rios de domínio da União da bacia começaram a pagar pelo uso da água, conforme prevê a Lei nº 9.433/97, conhecida como "Lei das Águas". Os boletos de 2010 já foram distribuídos e a Agência Nacional de Águas (ANA) iniciou em agosto a arrecadação, estimada em R$ 10 milhões até o fim do ano, tendo em vista que o valor cobrado corresponde ao período de julho a dezembro.
Passam a pagar pelos recursos hídricos quem capta mais de quatro litros por segundo (14,4 metros cúbicos por hora) como, por exemplo, companhias de saneamento, indústrias, irrigantes e o Projeto de Integração do Rio São Francisco com as Bacias Hidrográficas do Nordeste Setentrional (PISF). Também estão sujeitos à cobrança os usuários que fazem lançamentos de efluentes nos rios federais da bacia.