Em julho de 2006 o Tribunal de Justiça da Bahia apresentou um anteprojeto de organização judiciária, cujo texto daria origem a nova Lei de Organização Judiciária (LOJ) uma vez que, segundo o TJ, a legislação então vigor, era anacrônica e apontada como uma das causas dos problemas da instituição.

Passados doze anos um Parecer da Comissão de Magistrados para Estudos e Apresentação de Sugestões sobre a Reorganização Jurisdicional da Seção e Subseções Judiciárias da Bahia com data de 30 de outubro deste ano, sugere a desativação das varas federais de Alagoinhas, Bom Jesus da Lapa e Teixeira de Freitas.

Esta semana a imprensa de Alagoinhas anunciou que além daquela cidade, Jequié, Guanambi e Paulo Afonso estão entre as cidades que poderão perder as unidades da Justiça Federal.

O Dr. João Paulo Piropo, juiz titular da subseção de Paulo Afonso, já vem lutando para manter os mais de vinte municípios que estão sob a jurisdição de Paulo Afonso, todavia a subseção pela qual responde deve perder alguns municípios.

As notícias publicadas na imprensa de Alagoinhas pega a todos de Paulo Afonso de surpresa, pois o que se imaginava era que a capital da energia perdesse apenas alguns municípios e não a vara.   

A Subseção Judiciária de Paulo Afonso foi instalada no dia 1º de fevereiro de 2006, mesmo ano da nova Lei de Organização Judiciária.